Tras la ampliación de los terrenos del Instituto en el 2007, el profesor José Casares propuso dedicar una amplia zona a un jardín botánico de plantas autóctonas con una serie de isletas cada una de las cuales albergaría un tipo de vegetación mediterránea. Entre las isletas se excavaron profundos caminos que luego se cubrieron de grava para favorecer el drenaje en periodos lluviosos. A lo largo de 2008 se hicieron las gestiones para que en las isletas centrales se plantaran encinas y coscojas de gran tamaño procedentes de una zona de la provincia de Córdoba que iba a ser inundanda tras la construcción de un embalse. Las encinas se aclimataron muy bien contribuyendo a darle un aspecto de bosque maduro al jardín.
.
En febrero de 2009 tuvo lugar la primera plantación de árboles y arbustos en la que participó el alumnado dirigido por los profesores José Casares y Pablo Acosta. Los plantones los faciltó la Delegación Provincial de Medio Ambiente a través de don José María Irurita que apoyó al jardín desde el primer momento. En los meses siguientes se instaló el sistema de riego por goteo que se activa en los meses de verano.
.
En el curso 2010-11, con el profesor Pablo Acosta en plantilla, se inició nuestra participación en el programa Crece con tu Árbol, se colocaron las etiquetas botánicas, se distribuyeron rocas de gran tamaño a lo largo de los caminos y se organizó el vivero escolar junto a la casa del conserje. Esta instalación permite obtener nuestros propios plantones a partir de semillas recogidas en el monte. El vivero se techó en septiembre de 2011, gracias a la subvención de un proyecto de innovación pedagógica.
.
El 19 de diciembre de 2011 tuvo lugar la inauguración oficial del jardín con la asistencia de la Delegada Provincial de Educación Ana Gámez Tapias y el Delegado Provincial de Medio Ambiente Francisco Javier Aragón Ariza. Unos días antes se instalaron los bancos del ágora que se convirtió en lugar de reunión dentro del jardín.
.
A lo largo del curso 2011-12 se construyó el colegio Martín Vivaldi en terrenos que estaban dentro del perímetro del Instituto afectando al jardín que vio reducida su extensión y perdió algunos pinos y pinsapos. Por otra parte, quedó un espacio libre entre la valla del nuevo colegio y el vivero escolar destinándose a huerto escolar que nos proporcionó una primera cosecha en la primavera de 2012. Unos meses más tarde la revista de educación ambiental AULA VERDE publicó una reseña dedicada al jardín botánico de La Madraza (ver número 40, pág. 16).
.
Durante el curso 2012-13 se continuó en la misma línea de trabajos en el jardín, el vivero y el huerto escolar. Se prestó un especial cuidado a varias zonas del jardín aún con escasa cubierta vegetal, especialmente en las isletas próximas al edificio principal, y se generalizó el uso de mallas antihierba para favorecer el desarrollo de los nuevos plantones. Como novedad se realizó un inventario de las aves del jardín y se diseñó un cartel para facilitar su identificación.
.
El 19 de febrero de 2014, a iniciativa del Departamento de Biología y Geología constituido por José Casares, Pablo Acosta, Antonio Jiménez y Juana Montes, se organizó una jornada de plantación especial con la participación de todo el alumnado y con actividades de sensibilización ambiental que fueron objeto de un vídeo que fue premiado en el Certamen de Experiencias Didácticas Crece con tu Árbol. En el verano de 2014 se jubiló el profesor José Casares dejándonos un jardín perfectamente consolidado que es una de las señas de identidad del I.E.S. La Madraza.

En 2014 la aplicación Google-Maps incorporó imágenes aéreas más actualizadas de los alrededores del Instituto que permiten ver los cambios producidos en la zona en los últimos años. Lo más llamativo es la aparición del Colegio Martín Vivaldi si bien la presencia de grúas en el mismo revela que la imagen es anterior al verano de 2012. También llaman la atención los cambios ocurridos en el jardín botánico. Curiosamente las imágenes que sigue ofreciendo Google-Maps a pie de calle (Street View) son bastante antiguas, quizás de 2007; en esos momentos todavía no había nada de vegetación en el jardín botánico y se acaba de terminar el trazado de sus caminos e isletas.

En el curso 2014-15 se renovaron las etiquetas botánicas con un material más resistente, se instaló un panel informativo sobre aves urbanas y se montó una compostera a iniciativa de la AMPA. Se plantaron ejemplares sueltos, varios de especies nuevas, pero no se realizó una plantación masiva dado el desarrollo de la cubierta vegetal. Como novedad, parte de los esfuerzos se dirigieron al inventario y estudio de los invertebrados del jardín. En este curso empezó su andadura el Programa Ecoescuelas en La Madraza y abrió sus puertas el parque vecino.

En el curso 2015-16, después de un verano duro, aumentó notablemente la biomasa destacando el tamaño adquirido por encinas, pinos, quejigos, majuelos, retamas, gayombas, etc. Asistimos  la floración simultánea de tres jaras (C. albidus, C. ladanifer y C.salviefolius) y al agarre de algunas especies que no se encuentran en su hábitat ideal como el palmito y el alcornoque. Además, se incoporaron especies nuevas como olivilla (Teucrium fruticans), salvia, orégano, menta, hierbabuena… Hubo que combatir la expansión de los ailantos, árboles alóctonos muy invasivos. Durante la primavera de 2016 el alumnado de 1ºESO desarrolló un proyecto para atraer más fauna al jardín que se tradujo en la instalación de comederos y cajas nido para aves y «hoteles» para insectos.

Durante el curso 2016-17 se construyó la charca de La Madraza (ver vídeo), un ecosistema acuático que sirve de complemento al bosque mediterráneo representado en el jardín. La charca coincidió con el trabajo monográfico sobre el agua impulsado por el Programa Ecoescuelas. En este curso también se pusieron en marcha los talleres creativos, uno de ellos enfocado al cuidado y mantenimiento de los espacios verdes del Instituto.

En el curso 2017-18, además del taller sobre los espacios verdes del Instituto impartido por Pablo Acosta en 1º ESO, se desarrolló otro taller en 3º ESO sobre las adaptaciones de las plantas del monte mediterráneo dirigido por la profesora Pilar Fernández. La charca del Instituto fue reconocida con un segundo premio en el certamen municipal de buenas prácticas educativas. De manera experimental se organizó un nuevo huerto escolar en las inmediaciones de la charca buscando un lugar más soleado y más visible.